Vergleichende Probenbearbeitung zur biochemischen Instrumentierung

 

Conteste 2014

 

1. Bestimmung der Proteinkonzentration von 2 Proteinproben

Die akkurate Bestimmung der Proteinkonzentration ist unverzichtbar im Bereich der quantitativen Proteomik. Der Contest hat daher zum Ziel, die Gesamtproteinmenge in einer Probe so exakt wie möglich zu bestimmen. Hierzu werden den Teilnehmern jeweils zwei verschiedene Proben als Duplikate zur Verfügung gestellt. Bei den Proben handelt es sich um komplexe Proteingemische, die aus Serum sowie kultivierten und anschließend lysierten Zellen extrahiert wurden. Genaue Angaben zur vorangegangenen Probenpräparation werden den Contestteilnehmern mit den Proben zur Verfügung gestellt. Einschränkung hinsichtlich der Proteinkonzentrationsbestimmungsmethoden sind nicht vorhanden. Die Resultate der Analysen sind bis Anfang Juni 2014 einzureichen.

 

 

2. Quantifizierung von 6 Proteinen im Serum

Der MRM-Contest hat zum Ziel 6 unterschiedliche Plasmaproteine absolut zu quantifizieren. Die Konzentration dieser Proteine liegt im höheren und mittleren Konzentrationsbereich. Die Messung sollte durch LC-MRM-MS/MS unter Zusatz von Isotope-gelabelten Standardpeptiden erfolgen. Als Probe wird eine humane Plasmaprobe zur Verfügung gestellt; dazu kommt ein interner Standard (enthält 13C/15N-gelabelte Peptide). Ein genaues Versuchsprotokoll, wie die Versuchsdurchführung zu gestalten ist und wie die quantitative Auswertung der MRM-Daten erfolgen soll, wird mit den Proben zur Verfügung gestellt werden. Nach Einreichung der Resultate durch die Contestteilnehmer bis Anfang Juni 2014 werden die Ergebnisse mit den bekannten Werten verglichen werden.

 

Ein Set, bestehend aus 2 Proben, wird für jeden Contestteilnehmer Ende Februar 2014 zur Verfügung gestellt werden.