Vergleichende Probenbearbeitung zur biochemischen Instrumentierung

 

Conteste 2015

 

1. Bestimmung der Proteinkonzentration von 1 Proteinprobe

Die akkurate Bestimmung der Proteinkonzentration ist unverzichtbar im Bereich der quantitativen Proteomik. Der Contest hat daher zum Ziel, die Gesamtproteinmenge in einer Probe so exakt wie möglich zu bestimmen. Hierzu wird den Teilnehmern eine Proteinprobe als Triplikat zur Verfügung gestellt. Bei der Probe handelt es sich um ein komplexes Proteingemisch (Mausserum). Optional kann die Probe auch in hydrolysierter Form (Hydrolyse mit 6 N HCl, 110⁰C, über Nacht) als Triplikat zur Verfügung gestellt werden.
Genaue Angaben zur vorangegangenen Probenpräparation werden den Contestteilnehmern mit den Proben zur Verfügung gestellt. Einschränkungen hinsichtlich der Proteinkonzentrationsbestimmungsmethoden sind nicht vorhanden. Die Resultate der Analysen sind bis Ende Mai 2015 einzureichen.



 

2. Bestimmung von Phosphorylierungs-Stöchiometrien

Die Bestimmung des Phosphorylierungsgrads von Proteinen ist noch immer eine der anspruchsvollsten Fragestellungen der Phosphoproteomik. In diesem Contest geht es darum, die Verhältnisse von nicht-phosphorylierten und phosphorylierten Varianten dreier Peptidsequenzen zu bestimmen. Hierzu werden Gemische dieser in zwei unterschiedlichen Zusammensetzungen zu einem konstanten Hintergrund (verdautes Proteingemisch) gegeben. Die Teilnehmer erhalten die Sequenzen der nicht-phosphorylierten Peptide und die Anzahl der entsprechenden phosphorylierten Varianten, die zu analysieren sind, sowie Informationen zur Herkunft und Menge der Hintergrundprobe. Es wird ausreichend Probe für mindestens drei Analysen zur Verfügung gestellt.

Genaue Angaben zur vorangegangenen Probenpräparation werden den Contestteilnehmern mit den Proben geliefert. Einschränkungen hinsichtlich der zu verwendenden Strategien sind nicht vorhanden. Die Resultate der Analysen sind bis Ende Mai 2015 einzureichen.